Les OGM autorisés n’ont provoqué aucune manifestation allergique prouvée. Le risque allergique d’un OGM donné est évalué systématiquement avant sa mise en marché. Ainsi, deux OGM en cours d'expérimentation qui présentaient un risque allergène ont été immédiatement abandonnés. Il s'agissait:

• d'un soja ayant reçu un gène codant pour une albumine trouvée dans la noix du Brésil, dont le caractère allergénique était connu prélablement ,
• d'un pois ayant reçu un gène codant pour un inhibiteur d'une amylase trouvée dans le haricot et qui a provoqué des modifications immunogènes (sans être de nature allergénique) chez la souris.

Par ailleurs un maïs GM (Starlink®) autorisé pour la  consommation animale aux Etats-Unis, mais pas pour celle de l'homme s'est retrouvé accidentellement dans des produits destinés à l'alimentation humaine. Des cas d'allergies ont alors été rapportés par quelques consommateurs mais jamais les autorités sanitaires américaines n'ont  pu prouver que les symptômes allergiques signalés étaient liés au maïs incriminé (notamment suite à des tests en double aveugle sur les personnes ayant développé une allergie).
A l’inverse nombreux sont les travaux pour développer des variétés de plantes GM hypoallergéniques.

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• Rapport de l'AFSSA
• Genetically Engineered Crop Produce Is Not Potentially More Allergenic Than the Counterparts