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Le séquençage du génome du rosier vient de débuter

30/03/2014

Séquençage

Le séquençage du génome du rosier vient de débuter à l’initiative de laboratoires publics français (laboratoire RDP et IRHS) avec, entre autres, des fonds de l’INRA, de la Région « Pays de la Loire » et du Pôle de Compétitivité « Végépolys ». Ces laboratoires coordonneront les efforts d’un consortium international et d’un groupe de laboratoires français travaillant sur le rosier.

Séquençage du génome du rosier

Une description exhaustive du transcriptome (représentation de l'ensemble des molécules servant de matrice pour la synthèse des protéines) vient d’être publiée sur internet (Dubois et al. BMC Genomics 13, 638-649, 2012) ce qui fournit les séquences des différents gènes exprimés dans la plante. A terme, la séquence complète du génome, où seront localisés les différents gènes, sera librement accessible sur internet. Cette séquence pourra être utilisée pour des travaux de recherche et de sélection. En sélection, on peut utiliser des séquences d’ADN comme marqueurs de gènes favorables.

Les cartes génétiques actuellement disponibles ont déjà servi à développer des marqueurs de gènes de résistance au marsonia (champignon pathogène qui provoque des taches noires puis la chute des feuilles de la plante).

La séquence du génome permettra d’envisager l’identification de marqueurs liés à des caractères complexes comme le parfum, l’aspect de la fleur (nombre de pétales, couleur…) ou la capacité à donner des floraisons successives par exemple.

La variété choisie est R. chinensis ‘Old Blush’ pour plusieurs raisons.

Tout d’abord, elle est diploïde avec 14 chromosomes et présente donc moins de complexité qu’une variété tétraploïde (28 chromosomes). Cette rose est aussi un ancêtre des variétés modernes, elle est facilement cultivable en serre et in vitro ce qui permet la conservation des génotypes et la transformation génétique. De plus, elle est remontante, ce qui donne la possibilité de travailler sur les fleurs toute l’année en serre. Cette variété sera donc la première plante ligneuse ornementale séquencée et la séquence du génome servira de base pour une meilleure compréhension des relations entre l’homme et la reine des fleurs au cours de sa domestication.

Jean-Claude Caissard1, Annick Dubois2, Sylvie Baudino1, Olivier Raymond2, Philippe Vergne2, Manuel Le Bris3, Fabrice Foucher4, Mohammed Bendhamane2

 

1Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (EA 3061) Université Jean Monnet, Université de Lyon, 23 rue du Dr Michelon, 42023 Saint-Etienne cedex 2

2Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes (UMR INRA 879 - CNRS 5667 - Université Lyon 1 - ENSL) Ecole Normale Supérieure de Lyon, 46 Allée d’Italie, 69364 Lyon cedex 7

3Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale (UMR CNRS 7263 - IRD 237 - Université Aix-Marseille) Campus St Jérôme, Avenue Escadrille Normandie Niémen, Case 422, 13397 Marseille cedex 20

4Institut de Recherche en Horticulture et Semences (UMR INRA 1345), Centre INRA, 42 rue Georges Morel, 49071 Beaucouzé cedex