Webinaire #2022
Mardi 10 mai 2022 à 10h (durée : 1h30)
Conférence de Frédéric CHOULET
Frédéric Choulet est Ingénieur de Recherche du département Biologie et Amélioration des Plantes d’INRAE. Après une thèse à l’Université de Nancy en génomique bactérienne, il a rejoint l’unité GDEC (Génétique, Diversité, Ecophysiologie des Céréales) UMR INRAE-Université Clermont Auvergne en 2007 en postdoc puis en tant qu’IR en 2009. Sa spécialité est la bioinformatique des génomes. Il a été impliqué dans le séquençage du génome du blé tendre, une espèce hexaploïde au génome complexe, dans le cadre d’une initiative internationale qui a mobilisé la communauté scientifique fédérée au sein du consortium IWGSC. Au-delà des aspects méthodologiques, des développements bioinformatiques, Frédéric mène des recherches qui visent à caractériser la composition du génome et surtout sa variabilité aux échelles inter- et intra-spécifiques. Il s’intéresse notamment aux éléments transposables, à leur dynamique évolutive, leur contribution à la variabilité génomique et à l’adaptation chez cette espèce.
Séquençage, annotation et pan-génomique chez le blé
Animation : Georges Freyssinet, Thierry Langin, André Gallais
Résumé de la communication
Avec l’augmentation du nombre de génomes séquencés, les notions de pan-génome/core-génome deviennent prégnantes. Elles traduisent le fait que les variations génomiques entre individus d’une même espèce ne se limitent pas aux SNP. Les variations concernent la présence de séquences, usuellement les gènes, chez certains individus qui sont absentes chez d’autres. Le pan-génome désigne l’ensemble des séquences présentes à l’échelle d’un groupe, souvent une espèce, alors que le core-génome désigne uniquement les gènes partagés par tous au sein du groupe. L’identification des gènes dispensables devient ainsi un objectif particulièrement intéressant pour différencier les gènes essentiels des gènes d’adaptation à l’environnement, comme les gènes de résistance aux pathogènes par exemple.
La présentation portera sur la pan-génomique des plantes avec un focus fort sur les recherches menées chez le blé. Le génome du blé est hexaploïde, de grande taille, très riche en séquences répétées, des caractéristiques qui ont longtemps été un frein aux avancées en génomique chez cette espèce. Une première séquence de référence du génome complet a été publiée en 2018, ressource qui a permis d’identifier près de 108000 gènes codant des protéines et 4 millions d’éléments transposables constituant 85% de la séquence du génome. Depuis 2018, beaucoup de données génomiques ont été produites afin d’évaluer l’ampleur de la variabilité qui affecte les gènes et les éléments transposables. La présentation fera le bilan des problèmes méthodologiques posés et de l’avancée des connaissances sur ce sujet.
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Georges Freyssinet
Président de l’AFBV
Docteur d’Etat, Georges Freyssinet a été enseignant/chercheur à l’Université (France et Amérique du Nord) pendant une vingtaine d’années. Il a rejoint Rhône-Poulenc (RP) Agro en 1984 pour y développer la biologie cellulaire et moléculaire végétale. En 1992, il est nommé Conseiller Scientifique à la Direction Scientifique de RP. En 1998, il prend la Direction Générale de RhoBio, une entreprise commune à RP Agro et Biogemma. Il est un des fondateurs de LemnaGene SA, une société de BioManufacturing dont il assure la Direction Générale de 2003 à 2005. En 2006, il rejoint la Direction Scientifique du Groupe Limagrain puis est nommé, en 2011, Directeur Général de Genective, une entreprise commune aux Groupes Limagrain et KWS développant des maïs OGM. A la retraite depuis 2014, il assure, en parallèle, des activités de consultant dans le domaine des biotechnologies végétales. Il est Président de l’AFBV depuis mars 2019.
André Gallais
Professeur Honoraire d’AgroParisTech, membre de l’Académie d’Agriculture de France.
André Gallais est un spécialiste de la génétique des caractères quantitatifs et des méthodes d’amélioration des plantes. De 1982 à 2005, il a enseigné ces disciplines à l’Institut National Agronomique Paris-Grignon (maintenant AgroParisTech) et a été responsable de programmes de génétique et d’amélioration du maïs à la Station de Génétique Végétale du Moulon (INRA, Université de Paris-Sud, CNRS, AgroParisTech). Il est l’auteur de plusieurs ouvrages sur l’amélioration des plantes. Il est membre du Conseil Scientifique de l’AFBV.
Thierry Langin
Directeur de Recherche CNRS, membre du conseil scientifique de l’AFBV
Responsable de l’équipe « Maladies des céréales (MDC) » au sein de l’UMR 1095 Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales à Clermont-Ferrand, Unité dont il a assuré ma direction de 2012 à 2020. Les projets développés par l’équipe MDC s’inscrivent dans le cadre général de l’identification et la caractérisation de nouvelles sources de résistance durables aux principales maladies du blé. Ces projets se structurent autour de trois axes complémentaires : Déterminisme et fonctionnement des résistances, Identification de gènes de sensibilité et impact de facteurs environnementaux sur la résistance du blé (microbiome, stress abiotiques).